Bir şehir efsanesine göre, insanların çektiği acılardan kurtarabilen bir ölüm meleği varmış. Bu "Ölüm Meleği"nin ismi ise Boogiepop. Ve efsaneler doğrudur. Boogiepop gerçektir. Shinyo Akademisi'nde aniden gerçekleşen kayıp kız öğrenci vakaları patlak verdiğinde ise polis ve fakülte kendi iradeleri ile kaçtıklarını varsayıyor. Ama bazı öğrenciler böyle olmadığını biliyor. Gizemli ve pis şeyler dönmekte. Bu şey Boogiepop mu yoksa daha da uğursuz bir şey miydin?