1999 yılında yayınlanan ilk Digimon serisinin reboot'u niteliğindedir. Hikâyenin bu sefer 2020 yılında geçtiği serimizde ilkokul 5. sınıf öğrencisi olan Taichi’nin partneri bir dijital yaratık olan Agumon’dur. Hikaye, Tokyo’da geniş kapsamlı şekilde oluşan bir internet ağı arızasının oluşması ile başlıyor. Taichi yaz kampına hazırlanmaktayken yaşanan bir kaza olayların gidişatını değiştiriyor. Taichi’nin annesi ve kız kardeşi Hikari bir trende sıkışıp kalıyorlar ve Taichi onlara yardım etmeye koşuyor.