Karasumori malikanesindeki yüksek ruhsal enerji, bir takım gizli şeyleri ve akıl almaz fenomenleri malikaneye çekmektedir. Bu sıkıntılar yüzünden Ayakashi yok etme uzmanı Hazama Tokmori çağrılır (Ayakashi, kötü ruhlara verilen isimdir). Hazama bu işe devam ettikçe ona Kekkaishi denmeye başlanır. Karasumori ailesi kendilerini korumak için büyük bir enerji kabuğu oluşturur ama korumak şöyle dursun, bu enerji Ayakashi'leri başka bir şeye dönüşebilen canavarlar haline getirir. Bundan sonra Ayaskahi'ler insanlara zarar vermeye başlarlar. Bunlarla artık baş edemeyen Kekkaishi de yorgunluktan ve ağır hastalık yüzünden dört gün boyunca yatar. Dördüncü günün sabahı ise vefat eder. Malikaneyi gelişmiş Ayakashiler doldurur ve artık orada insanlar yaşayamaz hale gelir. Yıllar sonra Ayakashiler gidince insanlar buraya tekrar yerleşir ve Karasumori Akademisi'ni kurarlar. Ama Ayaskah'leri dönüştüren Karasumori ailesinin enerji kabuğu hala akademinin altındadır. Oraya gelecek olan Ayashileri temizleme işi Kekkaishi'nin torunu Sumumira ve Yukimura'lardan Tokine'ye düşmektedir. Tokine 16 yaşında lise öğrencisi bir kız, Yoshimori ise 14 yaşında ortaokul öğrencisi bir erkektir. Ä°kisi de Karasumori Akademisi'nde okumaktadır. Gündüzleri Ayakashi'ler ortaya çıkmadığından okulda sorun yoktur ancak Karasumori'yi ele geçirmek isteyen Kokubouro denilen güçlü bir Ayakashi grubu Yoshimori ve Tokine'in başına çok iş açacaktır.