"Üç yıl süren savaşın ardından Mahito Maki, annesini hastanedeki trajik bir yangında kaybeder. Kısa bir süre sonra babası, Mahito'nun annesinin küçük kız kardeşi olan Natsuko ile evlenir. Onlar, Mahito'yu Tokyo'dan çıkararak annesinin kırsal aile evine sığınmaya götürürler. Orada Mahito, ona ilgi gösteren tuhaf bir gri balıkçıl tarafından sürekli rahatsız edilir. Kaybını kabullenemeyen ve tanımadığı bir yerde yeni bir hayata uyum sağlamakta zorlanan Mahito, Natsuko'nun hamile olduğunu öğrenince şok olur. Daha da kötüsü, can sıkıcı balıkçıl konuşabilmektedir ve Mahito'nun annesinin hala hayatta olduğunu iddia eder. Mahito'yu, ikametgahın yakınındaki gizemli bir kuleye çeken balıkçıl, onu ölümden kurtarabileceğini söyler, ancak çocuk kolayca ikna olmaz. Ancak, bir gün Natsuko ortadan kaybolduğunda, Mahito onun kuleye yürüdüğünü görür ve onu kurtarmak için içeri girmeye zorlanır. Kısa bir süre sonra kendini, yaşam ve ölümün iç içe geçmiş göründüğü kendi dünyasının altındaki başka bir dünyaya düşerken bulur. Mahito, Natsuko'yu bulmak için bu yabancı diyarı dolaşırken, güvenli bir şekilde eve dönmek istiyorsa yaşamanın ne anlama geldiğini anlamak zorundadır."