Hikâye, birinci Shakugan no Shana serisinin bittiği yerden devam etmektedir. Yuji, Shana'yla birlikte savaşabilmek için kendini geliştirmeye devam ederken bir yandan da Bal Masqué'yle olan son savaşlarında Shana'nın son cümlesini hatırlamaya çalışmaktadır ancak kesinlikle anımsayamaz. Aradan geçen zamana rağmen Yoshida Kazumi de hala bir cevap beklemektedir. Bu sırada sınıflarına transfer olan ve tıpatıp Hecate'ye benzeyen Konoe Fumina'nın sırrı bir yana, Yuji'nin yeni ve çok büyük bir sırrı daha keşfedilir. Ancak bu sırra daha odaklanamadan Pheles isimli bir Crimson Lord, korkunç bir hızla üzerlerine gelmektedir ve Reiji Maigo'yu geri istemektedir...